Nakon razumijevanja razloga za nestabilnost peptida, potvrđeno na temelju godina iskustva u sintezi peptida da postoje sljedeća rješenja za poboljšanje stabilnosti peptida.
1) Mutacija usmjerena na mjesto
Zamjena ostataka koji uzrokuju nestabilnost peptida ili uvođenje ostataka koji povećavaju stabilnost peptida kroz genetski inženjering može poboljšati stabilnost peptida.
2) Kemijska modifikacija
Postoje mnoge metode kemijske modifikacije peptida, a PEG modifikacija je najviše proučavana. PEG je polimerni spoj topiv u vodi koji je biorazgradiv i netoksičan in vivo. PEG može poboljšati topljivost peptida nakon vezanja, regulirati biokompatibilnost, poboljšati toplinsku stabilnost, oduprijeti se razgradnji proteaze, smanjiti antigenost i produžiti poluvrijeme života in vivo. Odabir odgovarajućih metoda modifikacije i kontroliranje stupnja modifikacije može poboljšati fizičku kondiciju ili pojačati izvornu biološku aktivnost.
3) Aditivi
Dodavanjem aditiva kao što su šećeri, polioli, želatina, aminokiseline i određene soli, može se poboljšati stabilnost peptida. Šećer i polioli tjeraju više molekula vode da okruže proteine u niskim koncentracijama, čime se poboljšava stabilnost peptida. Tijekom procesa sušenja zamrzavanjem, gore spomenute tvari također mogu zamijeniti vodu i formirati vodikove veze s peptidima kako bi stabilizirale svoju prirodnu konformaciju, a također mogu povećati temperaturu staklastog prijelaza proizvoda osušenih zamrzavanjem. Dodatno, surfaktanti kao što su SDS, Tween, Pluronic mogu spriječiti površinsku adsorpciju, agregaciju i taloženje peptida.
4) Sušenje zamrzavanjem
Niz kemijskih reakcija koje se odvijaju u peptidima, poput deamidacije, beta eliminacije, hidrolize itd., zahtijeva sudjelovanje vode, koja također može poslužiti kao mobilna faza za druge reaktante. Osim toga, smanjenje sadržaja vode može povećati temperaturu denaturacije peptida. Stoga, sušenje smrzavanjem može poboljšati stabilnost peptida.