Glosar

2-Abz - 2-Aminobenzoil, obično se kombinira s 2,4-dinitrofenilom (Dnp) ili 3-nitro-tirozinom (NitroTyr) kako bi se formirali parovi fluorofor/gasitelj. ekscitacija na 320 nm, emisija na 420 nm.

3-Abz (m-aminobenzojeva kiselina) može se vidjeti kao -aminokiselina. Kada se m-aminobenzojeva kiselina ugradi u peptidne lance, to rezultira krutim zaokretom.

4-Abz (p-aminobenzojeva kiselina, PABA), budući da je prirodni derivat benzojeve kiseline, također se može koristiti kao kruti linearni odstojnik.

Abu, L- -Aminobutiril ((S)-2-Amino-butanoil), -aminomaslačna kiselina, je derivat aminokiseline. Zbog svoje strukturne sličnosti s prirodnim aminokiselinama, često se koristi u dizajnu i sintezi peptida i peptidnih mimetika.

Ac predstavlja acetil. N-terminalna acetilacija je uobičajena stabilizacijska modifikacija za peptide u prirodi.

Acm, acetamidometil, može se ukloniti pomoću Hg(II) ili Ag(I). To je jedna od često korištenih tiolnih zaštitnih skupina za cistein pri sintetiziranju peptida s višestrukim disulfidnim vezama.

ACTH (adrenokortikotropni hormon) je hormon koji luči prednji režanj hipofize i stimulira koru nadbubrežne žlijezde na proizvodnju kortikosteroida.

Aad (L- -aminoadipinska kiselina) je neproteinogena aminokiselina. Struktura mu je slična glutaminskoj kiselini (Glu), s dodatnom metilenskom skupinom u bočnom lancu.

(2-Aminoetoksi)octena kiselina, također poznata kao glicin etil ester ili glicin etilamid, može se koristiti kao razmaknica ili poveznica u sintezi modifikacije peptida.

1-(1'-adamantil)-1-metil-etoksikarbonil, amino zaštitna skupina koja je vrlo kiselo labilna u sintezi peptida, može se ukloniti s 3% TFA/CH2Cl2

AFC (7-Amino-4-trifluorometilkumarin) je fluorescentni spoj s ekscitacijom oslobođenog kumarina na 395-400 nm, emisijom na 495-505 nm.

Vrste veće molekularne težine nastaju zbog nekovalentne adhezije manjih vrsta. Konkretno kod proteina, agregacija je oblik denaturacije koji se može dogoditi na nepolarnim površinama sa sekundarnim strukturama, kao što su one koje obično tvore intramolekularne interakcije i zakopane su u spiralama i listovima proteina. Molekule međusobno djeluju, ponekad tvoreći netopljive polimolekularne oblike. Agregacija je u suprotnosti s oligomerizacijom, normalnom interakcijom pravilno savijenih nativnih proteina u obliku polimera višeg reda.

AHX, aminoheksanoil, 6-aminoheksanska kiselina, također skraćeno Aca ili LC, obično se uvodi kao kratki nepolarni razmak između biotina, fluorofora i peptidnih sekvenci.

2-Aminoizomaslačna kiselina rijetka je neproteinska aminokiselina koja je krajnji produkt metabolizma pirimidina i izlučuje se urinom te je prisutna u nekim antibioticima gljivičnog podrijetla. Također se koristi za zamjenu prirodnih aminokiselina za sintezu peptida.

Alkoholi su oni organski spojevi koje karakterizira prisutnost jedne, dvije ili više hidroksilnih skupina (−OH) koje su vezane na atom ugljika u alkilnoj skupini ili lancu ugljikovodika. Peptidni alkoholi su klinički ključni spojevi koji su nedovoljno istraženi u studijama odnosa strukture i aktivnosti (SAR) za otkrivanje lijekova. Na primjer, DAMGO je agonist opioidnih receptora modificiran alkoholom na C-terminalu, sa slijedom Tyr-{d-Ala}-Gly-{Me-Phe}-Gly-ol. Ima visoku selektivnost i afinitet za μ-opioidne receptore.

Aldehid je organski spoj u kojem je karbonilna skupina vezana za ugljikov atom na kraju ugljikovog lanca. Peptidni aldehidi su važni alati u biokemiji i kemijskoj biologiji za inhibiciju i kemijsko onesposobljavanje proteaza.

Aloc - Aliloksikarbonil, amino zaštitna skupina (također skraćeno Alloc). Zaštita se može ukloniti s Pd(PPh3)4.

Alzheimerova bolest, obilježena amiloidnim plakovima i tau petljama, rezultat je sinaptičke disfunkcije i problema s putevima čišćenja, uzrokujući kognitivno oštećenje.

7-Amino-4-metilkumarin (AMC) je uobičajena fluorescentna sonda za označavanje peptida u studijama proteaze. Njegova konjugacija s peptidom gasi fluorescentni signal, a otpušteni AMC nakon cijepanja proteaze može kvantificirati aktivnost enzima, s maksimumom ekscitacije/emisije od 345/445 nm. Na primjer, preferirani supstratni fluorescentni peptid za određivanje aktivnosti slične tripsinu pročišćenog proteasoma, sa slijedom: Ac-Arg-Leu-Arg-AMC.

Atrijski natriuretski peptid (ANP), hormon koji proizvode i otpuštaju atrije srca kao odgovor na povećani volumen i tlak krvi. Djeluje na reguliranje ravnoteže tekućine i krvnog tlaka poticanjem vazodilatacije, povećanjem proizvodnje urina (diureza) i smanjenjem reapsorpcije natrija u bubrezima. Ovi postupci pomažu u suzbijanju učinaka visokog krvnog tlaka i preopterećenja tijela tekućinom.

Antigeni peptidi su kratke sekvence aminokiselina izvedene iz proteina ili drugih biomolekula koje pokreću imunološki odgovor organizma. Ove peptide imunološki sustav prepoznaje kao strane ili strane tijelu, što dovodi do aktivacije imunoloških stanica kao što su T-stanice i B-stanice. Antigeni peptidi igraju ključnu ulogu u imunološkim odgovorima, uključujući adaptivnu proizvodnju antitijela i razvoj imunološke memorije. Opširno se proučavaju u imunologiji i razvoju cjepiva zbog njihovog potencijala da pokreću specifične imunološke odgovore protiv patogena ili abnormalnih stanica.

Sinteza asimetričnih peptida s 2, 4 i 8 grana može se postići strateškim umetanjem lizina, arginina ili glutaminske kiseline u peptidnu sekvencu.

Asimetrični dimetilarginin (ADMA, Arg(Me)2) prirodni je kemijski spoj i endogeni inhibitor sintaze dušikovog oksida (NOS). Fmoc-Arg(Me)2-OH (asimetrični) može se izravno koristiti za sintezu peptida koji sadrže asimetrični dimetilarginin.

5-Aminovalerijanska kiselina može se koristiti kao razmaknica ili poveznica u sintezi modifikacije peptida.

Benziloksimetil (Bom) je acid-labilna imidazol zaštitna skupina koja se koristi u Boc-SPPS procesu za peptide koji sadrže histidin. Benziloksimetil proizvodi vrlo reaktivan formaldehid nakon tretmana kiselinom. Stoga se Bom najbolje cijepa u prisutnosti Cys, metoksiamina ili drugih spojeva koji reagiraju s aldehidima.

-aminokiseline imaju svoju amino skupinu vezanu za -ugljik, koji je drugi ugljikov atom dalje od karboksilne skupine. Opća strukturna formula za -amino kiselinu može se prikazati kao: R−CH(NH2)−COOH

Natriuretski peptid tipa B (BNP), hormon koji uglavnom proizvode srčane klijetke kao odgovor na pretjerano rastezanje stanica srčanog mišića. Ima ključnu ulogu u regulaciji krvnog tlaka i ravnoteže tekućine, prvenstveno poticanjem vazodilatacije i povećanjem izlučivanja natrija putem bubrega.

t-Butiloksikarbonil (Boc) je vrlo kiselo-labilna -amino zaštitna skupina u sintezi peptida, može se odcijepiti pomoću TFA/metilen klorida (1:1), HCl u etil acetatu ili dioksanu, 98% mravlje kiseline.

2-(4-Bifenilil)izopropiloksikarbonil (Bpoc) je vrlo kiselo-labilna -amino zaštitna skupina u sintezi peptida, može se odcijepiti pomoću 1% TFA/metilen klorida.

Peptidi s 2, 4 i 8 grana mogu se dobiti strateškim umetanjem lizina, arginina ili glutaminske kiseline u peptidnu sekvencu.

t-Butildimetilsilil (TBS ili TBDMS) je hidroksilna zaštitna skupina kompatibilna s Fmoc-SPPS. On je kiselo labilan i može se selektivno cijepati fluoridnim ionima.

Benzoil je acilna skupina koja se često uvodi na N-kraj peptida. Manje je polaran od acetila (Ac) i može biti kao trajna modifikacija.

Benzil (Bzl) alkilni ostatak i zaštitna skupina bočnog lanca koja se koristi za blokiranje alkohola (Ser, Thr, Hyp) u sintezi peptida. može se cijepati jakim kiselinama ili katalitičkom hidrogenolizom (npr. vodik/Pd).

Kolecistokinin (CCK) je peptidni hormon koji proizvodi sluznica gornjeg crijeva, a nalazi se u središnjem živčanom sustavu. Potiče kontrakciju žučnog mjehura, oslobađanje enzima gušterače, te utječe na razne gastrointestinalne procese.

Peptid povezan s genom kalcitonina (CGRP) je 37-aminokiselinski peptid povezan s kalcitoninom, amilinom i adrenomedulinom. Postoji u dva oblika, -CGRP (CGRP I) i -CGRP (CGRP II), sa sličnim biološkim aktivnostima. CGRP se primarno nalazi u senzornim i središnjim neuronima, utječući na kardiovaskularnu funkciju, metabolizam kalcija i fetoplacentalni vaskularni tonus. Njegovi receptori su povezani s G-proteinom i aktiviraju adenilat ciklazu, u interakciji s proteinima koji modificiraju aktivnost receptora (RAMPs) za specifičnost liganda i staničnu trgovinu.

L-Cikloheksilalanin (Cha) je nepolarni aminokiselinski analog fenilalanina, gdje je aromatski prsten zamijenjen cikloheksanskim prstenom. Ova supstitucija omogućuje proučavanje uloge aromatskih aminokiselina u interakcijama kao što su π-π interakcije zamjenom ostataka fenilalanina s Cha u eksperimentima.

L- -Cikloheksilglicin (Chg) je nepolarna aminokiselina koja je sterički ometena. Služi kao značajan farmaceutski intermedijer, a nalazi se i u prirodnim proizvodima.

Kolesterol prirodno proizvode jetra i druge stanice u tijelu, ali također može potjecati iz hrane koju jedemo, posebno iz životinjskih proizvoda kao što su meso, perad i punomasni mliječni proizvodi. Kolesterol se može povezati s peptidima kako bi se poboljšala farmakokinetika.

cis-hidroksiprolin, stereoizomer prirodnog trans-hidroksiprolina.

Citrulin je prisutan u proteinima kao rezultat post-translacijske enzimske modifikacije argininskih ostataka.

CMK je inhibitor RSK2 kinaze slične snage, ali manje kemijske stabilnosti od FMK.

Natriuretski peptid tipa C (CNP) je peptid vaskularnih endotelnih stanica, poznat po svojim vazodilatacijskim učincima. Pokazuje strukturne i fiziološke sličnosti s atrijskim i moždanim natriuretskim peptidima (ANP i BNP).

L- -Ciklopentilglicil (Cpg) je nepolarna aminokiselina koja je sterički ometena.

U peptidnoj sekvenci, onaj jedinstveni ostatak koji je povezan s linearnom sekvencom svojom amino skupinom, ostavljajući je sa slobodnom karboksi skupinom. Karboksilna skupina ovog ostatka može doživjeti modifikacije kao što je amidacija ili, u slučajevima poput piroglutamata, unutarnja laktamizacija.

Cijanin 3 je crveno-fluorescentna cijaninska boja koja se obično pobuđuje izvorom svjetlosti oko 558 nm i emitira svjetlost na približno 572 nm.

Cijanin 5 je fluorofor cijaninske boje koji emitira blisku infracrvenu fluorescenciju obično pobuđenu izvorom svjetlosti oko 646 nm i emitira svjetlost na približno 664 nm.

L-, -Diaminomaslačna kiselina je ,ω-diamino kiselina, kraći analog ornitina (Orn) i lizina (Lys). Uz odgovarajuću zaštitu, ,ω-diaminokiseline se mogu selektivno modificirati na svom Nω položaju ili ugraditi u stvaranje razgranatih peptida ili dendrimera.

3-(Dimethylaminoazo)benzen-4-karboksilna kiselina je kromofor povezan s amino skupinama koji se koristi u biokemiji i aplikacijama molekularne biologije kao prigušivač u fluorescentnom rezonantnom prijenosu energije (FRET), npr. s EDANS-om. Ekscitacija DABCYL-a na 454 nm.

Dabsyl ,4-dimethylaminobenzenesulfonyl klorid, Kromofor povezan s amino skupinama koji se koristi kao prigušivač u kombinaciji, npr. s EDANS-om. Ekscitacija Dabsyl-a na 436 nm.

4-Dimetilamino-1-naftalen-sulfonil, fluorofor povezan s amino skupinama, ekscitacija na 342 nm, emisija na 562 nm.

L-, -Diaminopropionska kiselina (Dap ili Dpr) je ,ω-diamino kiselina, koja je kraći analog diaminomaslačne kiseline (Dab), ornitina (Orn) i lizina (Lys). Modificirani derivati ​​,ω-diaminokiselina mogu se selektivno mijenjati na svom Nω položaju ili ugraditi u stvaranje razgranatih peptida ili dendrimera.

1-(4,4-dimetil-2,6-dioksocikloheks-1-iliden)etil (Dde) je amino-zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida. Može se selektivno cijepati pomoću 2% hidrazin hidrata u dimetilformamidu (DMF). Nω-Dde omogućuje specifično uklanjanje Dde iz aminokiselina kao što su Dap, Dab, Orn ili Lys nakon Fmoc sinteze peptida čvrste faze (SPPS), olakšavajući modifikaciju Nω-amino skupine na smoli.

Disulfidne veze su kovalentne veze nastale između dvije sulfhidrilne (-SH) skupine cisteinskih ostataka u proteinima.

2,4-dimetoksibenzil je formamidna zaštitna skupina labilna kiselini koja se koristi za reverzibilnu modifikaciju okosnice u sintezi peptida. Oni se ugrađuju tijekom sinteze peptida u čvrstoj fazi (SPPS) kao aminokiselina ili dipeptid Fmoc-Dmb (Fmoc-Xaa-DmbYaa-OH), gdje Fmoc sprječava agregaciju peptida i tako potiče učinkovito produljenje. Dmb također potiče reakcije ciklizacije i sprječava stvaranje asparagimida. Za razliku od derivata Hmb, Dmb ne stvara benzoksazepine tijekom aktivacije.

2,4-Dinitrofenil je kromofor koji je konjugiran s amino skupinama, obično se koristi kao prigušivač u supstratima za fluorescentni rezonantni prijenos energije (FRET).

4,4'-dimetoksiditil, također poznat kao bis-(4-metoksifenil)metil, kiselo-labilna je karboksamidna zaštitna skupina koja je kompatibilna s Fmoc sintezom peptida u čvrstoj fazi (SPPS).

DOPA, 3,4-dihidroksifenilalanin, prekursor je nekoliko ključnih neurotransmitera, uključujući dopamin, norepinefrin i epinefrin.

(4,7,10-trikarboksimetil-1,4,7,10-tetraazaciklododecil)-octena kiselina, skraćeno DOTA, je ciklički kelator koji se tipično veže za N-kraj peptida. DOTA olakšava označavanje peptida s radionuklidima kao što su 68Ga ili 90Y za razne biomedicinske primjene, uključujući snimanje i ciljanu terapiju.

Difenilmetil (ditil), kiselo labilna N-, O- i S-zaštitna skupina.

Dietilentriaminpentaoctena kiselina (DTPA) je koristan kelirajući agens za radionuklide kao što su (68)Ga, (99m)Tc i (111)In, koji su primjenjivi u nuklearnoj medicini snimanja.

5-[(2-Aminoetil)amino]naftalen-1-sulfonska kiselina (EDANS) je fluorofor koji se obično povezuje s Nω diaminokiselina poput lizina. Često se koristi u FRET podlogama, obično u kombinaciji s prigušivačima kao što je DABCYL. EDANS ima valnu duljinu pobude od 340 nm i emitira na 490 nm.

Polipeptid koji aktivira endotelne monocite.

Etil, alkilna skupina i homolog metila (Me), koristi se za trajne modifikacije N- i S-etilacije u peptidima.

Mapiranje epitopa (mapiranje epitopa antigena) je tehnika koja se koristi za određivanje specifičnih područja (odnosno epitopa antigena) na antigenu koje mogu prepoznati antitijela ili imunološki sustav. Antigenski epitopi mogu se podijeliti na linearne epitope i konformacijske epitope. Preko mapiranja epitopa antigena možemo duboko razumjeti odnos između strukture i funkcije antigena, što je od velikog značaja u razvoju cjepiva, dijagnostici bolesti, imunoterapiji i drugim aspektima.
Neke često korištene metode mapiranja epitopa antigena uključuju:
X-zraka kristalografija: Može izravno analizirati trodimenzionalnu strukturu antigena, čime se određuje položaj epitopa.
Nuklearna magnetska rezonancija: Također se može koristiti za analizu strukture antigena kako bi se odredio epitop.
Tehnika skeniranja peptida: Korištenje niza preklapajućih sintetskih peptidnih segmenata za identifikaciju epitopa koji se veže na antitijelo.
Na primjer, u istraživanju i razvoju cjepiva, pojašnjavanje ključnih epitopa na antigenu pomaže u dizajniranju učinkovitijih cjepiva i izazivanju ciljanijeg imunološkog odgovora; u dijagnozi bolesti, određivanje antigenskih epitopa povezanih sa specifičnim bolestima može razviti točnije dijagnostičke reagense.

5-FAM (5-karboksifluorescein) je fluorofor koji se obično koristi za označavanje biomolekula, s valnom duljinom ekscitacije od 490 nm i emisijom na 520 nm.

Fluorescein-6-karbonil je fluorofor vezan za amino skupine, s valnom duljinom pobude od 490 nm i emisijom na 520 nm.

Fluorescein izotiocijanat (FITC) je fluorofor koji reagira s amino skupinama. Prilikom označavanja peptida na njegovom N-kraju s FITC-om, obično se umeće razmaknica poput -alanina ili Ahx. FITC ima pobudnu valnu duljinu od 490 nm i emisiju na 520 nm.

9-Fluorenilmetil je bazno labilna zaštitna skupina koja se koristi za O- i S-zaštitu.

FMK, fluorometil keton, ireverzibilni je inhibitor RSK2 kinaze.

9-Fluorenilmetoksikarbonil (Fmoc), amino zaštitna skupina u FMOC sintezi čvrste faze, može se ukloniti s 20% piperidina/DMF.

Formil je zaštitna skupina indola koja se koristi u Boc-SPPS. Trp(For) se cijepa HF-om u prisutnosti merkaptana ili bazama kao što je piperidin.

Fluorescencijski rezonantni prijenos energije (FRET) je prijenos neradijacijske energije od pobuđenog fluorofora (donora) do odgovarajućeg akceptora (gasitelja). Prijenos ovisi o udaljenosti, orijentaciji dipola i spektralnom preklapanju donora i akceptora. U FRET supstratima, fluorofor i gasitelj povezani su preko peptidnog lanca. Enzimsko cijepanje povećava fluorescenciju odvajanjem donora i akceptora.

Fluorescencija je svjetlost koju emitira tvar koja apsorbira svjetlost ili drugo elektromagnetsko zračenje. To se događa kada molekule zvane fluorofori apsorbiraju fotone određene valne duljine, postanu uzbuđene, a zatim emitiraju fotone i vraćaju se u svoje osnovno stanje. Emitirana svjetlost obično ima dužu valnu duljinu i nižu energiju od apsorbirane svjetlosti, što rezultira karakterističnim spektrom fluorescencije. Ovaj se fenomen široko koristi u razne znanstvene i medicinske svrhe, uključujući mikroskopiju, protočnu citometriju i fluorescentnu spektroskopiju.

Želučani inhibitorni polipeptid (GIP), također poznat kao inzulinotropni peptid ovisan o glukozi, pripada obitelji hormona sekretina. Potiče izlučivanje inzulina, inhibira izlučivanje želučane kiseline i igra ključnu ulogu u regulaciji izlučivanja inzulina i homeostaze glukoze.

L- -Karboksiglutaminska kiselina (Gla) nastaje post-translacijskom karboksilacijom glutaminske kiseline, što rezultira proteinima koji mogu vezati ione kalcija, kao što je osteokalcin. Peptidi koji sadrže Gla idealno su sintetizirani pomoću Fmoc sinteze peptida na čvrstoj fazi (SPPS), budući da Gla može proći dekarboksilaciju dajući glutaminsku kiselinu u prisutnosti jakih kiselina.

Peptidi slični glukagonu članovi su superobitelji glukagona peptidnih hormona izvedenih iz C-terminalne regije proglukagona. Primarno ih sintetiziraju intestinalne L stanice.

Gonadotropin-oslobađajući hormon (LHRH) je dekapeptidni hormon koji se proizvodi u neurosekretornim stanicama hipotalamusa i otpušta se u pulsirajućim naletima u portalnu cirkulaciju hipofize. Pulsirajuća sekrecija ključna je za reproduktivne funkcije, spolni razvoj i diferencijaciju.

Hormon koji oslobađa hormon rasta (GHRH), poznat i kao somatorelin, hipotalamički je peptidni hormon koji stimulira hipofizu da oslobađa i sintetizira hormon rasta.

Hormon koji oslobađa hormon rasta (GHRH), poznat i kao somatorelin, hipotalamički je peptidni hormon koji stimulira hipofizu da oslobađa i sintetizira hormon rasta.

Ljudski leukocitni antigen (HLA) odnosi se na skupinu proteina koji se nalaze na površini stanica koji igraju ključnu ulogu u prepoznavanju stranih tvari od strane imunološkog sustava. Kod ljudi su kodirani genima glavnog histokompatibilnog kompleksa (MHC) i bitni su za prezentaciju antigena T-stanicama, omogućujući imunološkom sustavu da razlikuje svoje i ne-vlastite stanice. Molekule HLA vrlo su raznolike i polimorfne, značajno pridonose individualnom imunološkom odgovoru i osjetljivosti na autoimune bolesti i odbacivanje transplantata.

2-hidroksi-4-metoksibenzil je kiselo labilna formamidna zaštitna skupina koja se koristi za reverzibilnu modifikaciju okosnice u sintezi peptida. Ugrađuje se kao aminokiselina ili Fmoc-Hmb dipeptid (Fmoc-Xaa-HmbYaa-OH) tijekom sinteze Fmoc peptida u čvrstoj fazi (SPPS), sprječavajući agregaciju i omogućavajući učinkovito produljenje peptida. Hmb također pomaže u reakcijama ciklizacije i sprječava stvaranje asparagina.

L-homoarginin je homolog L-arginina, skraćeno Har, a može se naći u plazmi i urinu. Homoarginin je rezultat gvanidinacije lizina, koja se također može izvesti na peptidima i proteinima.

Homocitrulin je homolog L-citrulina, skraćeno Hci, i može se otkriti u ljudskom urinu.

L-homocistein je homolog cisteina, skraćeno Hcy, a proizvodi se demetilacijom metionina. Povišene razine Hcy u krvi faktor su rizika za kardiovaskularne i neurodegenerativne bolesti. Za razliku od Cys derivata, Hcy derivati ​​se ne racemiziraju tijekom spajanja, niti -eliminira.

Homolozi L-leucina, skraćeno Hle.

Homofenilalanin, homolog fenilalanina, skraćeno Hph, komponenta je ACE i reninskih inhibitora. Fmoc-Homophe-OH je potencijalni protuupalni lijek.

L-homoprolin ili L-pikolna kiselina, skraćeno Pip ili Hpr. Homolog prolina Hpr je produkt razgradnje L-lizina. Oba enantiomera mogu se otkriti u ljudskoj plazmi. Budući da prolinski ostaci snažno utječu na konformaciju peptida, zamjena Pro s Hpr (ili azetidin-2-karboksilnom kiselinom (Aze)) može modulirati njegovu sekundarnu strukturu.

L-transhidroksiprolin se proizvodi post-translacijski oksidacijom prolina. Hyp je glavna komponenta kolagena i proteina dagnji.

Izoserin, izomer L-serina, je -aminokiselina.

ivDde, amino zaštitna skupina, može se ukloniti i odcijepiti s 2% hidrazin hidrata u DMF-u. ivDde je stabilniji od Dde za česte višestruke tretmane piperidinom tijekom Fmoc-SPPS. Nω-ivDde može se selektivno ukloniti iz Dap, Dab Orn ili Lys, dopuštajući postsintetsku modifikaciju Nω-amino skupine na smoli.

Hemocijanin golemog limpeta (KLH) veliki je metaloprotein s više podjedinica koji prenosi kisik i koji se nalazi u hemolimfi golemog hemocijanina golemog limpeta. Kao nosač antigena, KLH obično pojačava imunogenost i sposobnost fiksiranja antigena spajanjem ciljnih polipeptidnih sekvenci, značajno potičući stvaranje učinkovitih, specifičnih i funkcionalnih antitijela.

Hormon koji oslobađa luteinizirajući hormon (LHRH ili GnRH) je dekapeptidni hormon koji sintetiziraju neurosekretorne stanice unutar hipotalamusa i pulsirajuće se oslobađa u hipofiznu portalnu cirkulaciju. Pulsirajuća sekrecija ključna je za reproduktivnu funkciju, spolni razvoj i diferencijaciju.

U dizajnu i sintezi peptida, istraživači mogu umetnuti poveznicu između biotina ili fluorescenta i peptida. Uobičajeni hidrofobni razmaknica je aminoheksanska kiselina (Ahx), a uobičajeni hidrofilni razmaknica je poli(etilen) glikol (PEG).

Proces sušenja smrzavanjem, koji uklanja tekućinu iz materijala osjetljivih na toplinu. Materijal se zamrzava, stavlja pod visoki vakuum i čuva na niskim temperaturama. Tlak koji stvara vakuum uzrokuje promjenu leda iz krutog u plinovito stanje bez prolaska kroz tekuće stanje. Peptidi se obično isporučuju kao liofilizirani prah.

Tekućinska kromatografija-masena spektrometrija svestrana je analitička tehnika koja integrira tekućinsku kromatografiju s masenom spektrometrijom za pružanje detaljnih informacija o sastavu i strukturi molekula unutar složenih uzoraka.

Višestruki antigenski peptidi. Višestruki antigenski peptid jedan je moćan način za proizvodnju anti-peptidnih protutijela visokog titra i sintetskih peptidnih cjepiva.

Matrično potpomognuta laserska desorpcijska/ionizacijska spektrometrija mase (MALDI-MS) je analitička tehnika koja se koristi za mjerenje omjera mase i naboja iona. Posebno je koristan za analizu biomolekula poput peptida, proteina i polimera.

Masena spektrometrija (MS) je snažna analitička tehnika koja se koristi za mjerenje omjera mase i naboja (m/z) iona.

4-Metoksi- -naftilamid, skraćeno MNA, je fluorofor koji je obično vezan za supstrat karboksipeptidaze na C kraju. Odcijepljena 4M NA pobuđuje na 335-350 nm i emitira na 410-440 nm

Metoksibenzensulfonil (Mbs) je gvanidilna zaštitna skupina koja se koristi u Boc-temeljenoj sintezi čvrste faze peptida (Boc-SPPS). Ovoj zaštitnoj skupini može se ukloniti zaštita cijepanjem s vodikovim fluoridom (HF).

4-Metilbenzil (Mbzl) je sulfhidrilna zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida čvrste faze (Boc-SPPS) na bazi Boc-a. Mbzl je stabilniji od metoksibenzila (Mob) pod čestim tretmanima trifluorooctenom kiselinom (TFA) i može se ukloniti cijepanjem fluorovodikom (HF).

(7-metoksikumarin-4-il)octena kiselina (Mca) je fluorofor koji se može povezati s amino skupinom.
Mca se veže na dinitrofenil (Dnp) za supstrate fluorescentnog rezonantnog prijenosa energije (FRET). Valna duljina pobude je 325 nm, a valna duljina emisije 392 nm.

Hormon koji koncentrira melanin (MCH) je ciklički neuropeptid prvi put izoliran iz riba i štakora. MCH je primarno uključen u regulaciju pigmentacije kože kod teleosta i prehrambenog ponašanja sisavaca.

Metil, najjednostavniji alkilni supstituent, uključen je u N-, O- i S-metilaciju, koja predstavlja trajne modifikacije peptida.

3-Metoksisukcinil, koji odgovara deaminiranom Asp(OMe), polarna je N-terminalna blokirajuća skupina koja se obično ugrađuje u supstrate karboksipeptidaze.

Metilacija je post-translacijska modifikacija (PTM) peptida i proteina gdje se metilna skupina (-CH3) enzimatski dodaje specifičnim aminokiselinskim ostacima, obično lizinu (Lys), argininu (Arg), histidinu (His) ili glutamatu ( Glu). Ova modifikacija može značajno utjecati na funkciju proteina, stabilnost i interakcije s drugim molekulama, čime igra ključnu ulogu u regulaciji različitih staničnih procesa uključujući ekspresiju gena, transdukciju signala i interakcije protein-protein.

Glavni histokompatibilni kompleks (MHC) je genetska regija koja sadrži gene koji kodiraju MHC molekule. Ove molekule igraju ključnu ulogu u imunološkom sustavu i autoimunosti. Kod ljudi je ovaj kompleks također poznat kao sustav humanog leukocitnog antigena (HLA).

Molekule MHC klase I (MHC I) su proteini na staničnoj površini koji prezentiraju peptide iz unutrašnjosti stanice citotoksičnim T stanicama. To pomaže imunološkim stanicama prepoznati i uništiti zaražene ili abnormalne stanice, ključne za imunološku obranu od patogena i raka.

Molekule MHC klase II (MHC II) su proteini na staničnoj površini koji predstavljaju peptide izvedene iz stranih tvari pomoćnim T stanicama. Ova interakcija je neophodna za koordinaciju imunoloških odgovora i aktivaciju drugih imunoloških stanica protiv patogena.

Monometilirani arginin (MMA) je post-translacijska modifikacija gdje se jedna metilna skupina (-CH3) enzimatski dodaje gvanidino dušiku argininskog ostatka unutar peptida ili proteina

3-merkaptopropilamin, može se koristiti kao peptidni ligand ili modifikator u raznim biokemijskim i biomedicinskim primjenama.

Miristoilacija je proces modifikacije lipida u kojem je miristoilna skupina, koja se sastoji od 14-ugljikom zasićene masne kiseline, kovalentno vezana za N-kraj peptida. Ova modifikacija služi za usidrenje proteina na staničnu membranu, olakšavajući njegovu lokalizaciju i sudjelovanje u različitim staničnim procesima.

-(1-naftil)-L-alanin je nepolarni derivat aminokiseline sličan fenilalaninu, ali s naftilnom skupinom umjesto fenilnom skupinom.

-(2-naftil)alanin je nepolarni derivat aminokiseline sličan fenilalaninu, ali s naftilnom skupinom umjesto fenilnom skupinom.

3-nitrobenz-2-oksa-1, 3-diazol (NBD) obično se uvodi konjugiranjem reagensa NBD-Cl na peptid. Peptidi obilježeni NBD-om naširoko su odabrani zbog svoje korisnosti u studijama usmjerenim na membrane i staničnu biologiju.

N-etilamid se može smatrati dekarboksiliranim oblikom C-terminalnog alanina. U LHRH agonistu buserelinu, NHEt služi kao analog C-terminalnog glicinamida. Peptid N-etilamid je otporan na razgradnju karboksipeptidazama.

L-norleucin (Nle) je stabilni izoster L-metionina. Kada je biološka aktivnost peptida ugrožena zbog stvaranja sulfoksida, Nle se može zamijeniti za Met bez tipične promjene njegovog funkcionalnog ponašanja.

NAPOMENA, 1,4,7-triazaciklononan-1,4,7-trioctena kiselina je bifunkcionalni kelator koji služi kao okvir za izradu alata za PET snimanje. Također se koristi u dizajnu sondi i pojačanju signala putem viševalentnih učinaka i ima potencijalne primjene kao dijagnostički radiofarmak galija.

N-Me se obično odnosi na N-metilaciju, kemijsku modifikaciju u kojoj je metilna skupina (-CH3) vezana za atom dušika u molekuli, kao što su N-Me-Gly, N-Me-Ser, N-Me -Tyr, N-Me-Thr, N-Me-Asp, N-Me-Glu, N-Me-Ala, N-Me-Phe, N-Me-Leu, N-Me-Ile, N-Me -Val, N-Me-Met, N-Me-Nle, N-Me-Nva, itd.

NODAGA,1,4,7-triazaciklononan,1-glutarna kiselina-4,7-diactena kiselina, izvanredan je bifunkcionalni kelator za dizajn i razvoj organometalnih radiofarmaceutika, nudeći značajan potencijal za primjenu u slikovnoj dijagnostici i ciljanoj radioterapiji.

2-Nitrofeniltio (Nps) je S-zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida čvrste faze (Boc-SPPS) na bazi Boc-a. Može se odcijepiti tiolima, posebno putem slobodne sulfhidrilne skupine cisteina (Cys), što dovodi do istodobnog stvaranja disulfidne veze.

Neuropeptid Y (NPY) je istaknuti neuropeptid u mozgu i dio je obitelji neuropeptida Y, koja uključuje polipeptid gušterače (PP) i peptid YY (PYY).

2-Nitro-2-piridilsulfenil (Npys) je S-zaštitna skupina koja je kompatibilna s Boc-temeljenom sintezom peptida čvrste faze (Boc-SPPS). Npys se može odcijepiti pomoću tiola, posebno preko slobodne sulfhidrilne skupine cisteina (Cys), što rezultira istovremenim stvaranjem disulfidne veze.

Norvalin je nepolarna alifatska aminokiselina i homolog -aminomaslačne kiseline (Abu).

-Naftilamid je fluorofor koji se obično koristi u supstratima karboksipeptidaze, obično vezan na C-završetku peptida. Odcijepljena NA pobuđuje na 330 nm i emitira na 370 nm.

-Naftilamid je fluorofor koji se obično koristi u supstratima karboksipeptidaze, obično vezan na C-završetku peptida. Odcijepljena NA na 320-340 nm, emisija na 410-420 nm.

Alil ester je karboksilna zaštitna skupina koja je kompatibilna s Fmoc i Boc peptidnom sintezom na čvrstoj fazi (SPPS). Slično Aloc-u, alilni esteri mogu se selektivno ukloniti obradom s Pd(PPh3)4. U Fmoc-SPPS, Asp(OAll) je osjetljiv na formiranje aspartimida katalizirano bazom.

Benzil ester, karboksilna zaštitna skupina, može se ukloniti katalitičkom hidrogenacijom (npr. H2/Pd) ili jakim kiselinama.

OcHex je standardna karboksilna zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida čvrste faze na bazi Boc (Boc-SPPS).

4-(N-[1(4,4-dimetil-2,6-dioksocikloheksiliden)-3-etilbutil]amino)benzil ester (ODmab) je zaštitni karboksil skupina koja se koristi u sintezi peptida čvrste faze (Fmoc-SPPS) na bazi Fmoc-a. Može se odcijepiti i ukloniti zaštitu pomoću 2% hidrazin hidrata u DMF-u.

2,4-Dimetoksibenzil ester je visoko kiselinska labilna karboksilna zaštitna skupina koja se može ukloniti pomoću 1% TFA u diklorometanu.

Etil ester, Zbog strogih uvjeta potrebnih za uklanjanje etil estera, modificiranje peptida etil esterima može poboljšati njihovu lipofilnost i stabilnost.

9-Fluorenilmetil ester je bazno labilna karboksilna zaštitna skupina koja se može ukloniti pomoću piperidina u DMF-u.

Heksilni esteri, Zbog strogih uvjeta potrebnih za uklanjanje etilnih estera, modificiranje peptida etilnim esterima može poboljšati njihovu lipofilnost i stabilnost.

L-otahidroindol-2-karboksilna kiselina (Oic) je nepolarna ometena aminokiselina. Umetanje ove aminokiseline povezane s prolinom u sekvencu polipeptida snažno utječe na konformaciju peptida.

Metilni esteri su polutrajne C-terminalne zaštitne skupine u sintezi tekuće faze i mogu se pretvoriti u peptidne hidrazide, prekursore reaktivnih peptidnih azida. Spajanje azida ostaje najpopularnija metoda spajanja fragmenata u sintezi peptida u tekućoj fazi.

3-Metilpent-3-il ester (OMpe) je kiselina labilna karboksilna zaštitna skupina koja se često koristi za zaštitu karboksilne skupine asparaginske kiseline (Asp) u sintezi peptida čvrste faze na bazi Fmoc (Fmoc-SPPS) ).Ovaj sterički zahtjevniji analog terc-butil estera razvijen je posebno za smanjenje bazično kataliziranog asparagimida formiranje.

Orto-nitrofenil esteri Boc- ili Z-aminokiselina su prethodno aktivirani derivati ​​koji se koriste u sintezi peptidne otopine.

Ornitin (Orn) se proizvodi iz arginina tijekom ciklusa uree i može se također uočiti u peptidima kao produkt razgradnje arginina. Formiranje orna putem acilacije gvanidinskog ostatka arginina je uobičajena nusreakcija u sintezi peptida.

Hidroksisukcinimidni ester (OSu, skraćeno NHS) je prethodno aktivirani derivat aminokiseline koji se obično koristi u sintezi peptida, posebno u modifikaciji peptida. OSu esteri su sigurni, nesterični, kompatibilni s vodenim sustavima i jednostavni za rukovanje.

Terc-butil ester, kiselo-labilna karboksilna zaštitna skupina za aminokiseline u sintezi peptida.

4-aminobenzojeva kiselina (para-aminobenzojeva kiselina), može se koristiti za sintezu poveznica konjugata antitijela i lijeka. Na primjer, Mal-PEG2-Val-Cit-PABA je poveznica konjugata lijeka protutijela (ADC) koja se može cijepati.

PABC (para-aminobenzil karbamat) je kemijski spoj koji se koristi u sintezi konjugata antitijelo-lijek (ADC) kao poveznica. Olakšava vezanje lijekova na antitijela na kontroliran način, omogućujući ciljanu isporuku lijekova u terapijama raka i drugim biomedicinskim primjenama. Na primjer, Mc-Val-Cit-PABC-PNP je poveznica koja se može cijepati katepsinom i koristi se u konjugatima antitijelo-lijek (ADC).

Polipeptid koji aktivira adenilat ciklazu hipofize (PACAP) visoko je očuvan neuropeptid koji je izrazito izražen u mozgu sisavaca. Svoje biološke učinke ispoljava povećanjem unutarstaničnih razina cikličkog AMP-a kroz interakciju receptora.

Palmitoil, nepolarna acilna skupina uvedena na N-kraju ili strani. Palmitoilacija je također uočena kao posttranslacijska modifikacija proteina.

Fenilacetamid metilna smola je smola dizajnirana posebno za sintezu peptida čvrste faze na bazi Boc (Boc-SPPS). Peptidi sintetizirani na ovoj smoli mogu se osloboditi HF cijepanjem.

U konjugatima antitijelo-lijek (ADC), poveznica povezuje antitijelo s citotoksičnim opterećenjem. Odabir nosivosti je kritičan jer određuje učinkovitost i specifičnost ADC-a u isporuci terapije ciljnim tkivima kroz specifične mehanizme otpuštanja.

2,2,4,6,7-Pentametildihidrobenzofuran-5-sulfonil (Pbf) je poželjna gvanidino zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida čvrste faze (Fmoc-SPPS) baziranoj na Fmoc. Pokazuje nešto veću kiselo-labilnost u usporedbi s Pmc-om.

Penicilamin je analog L-cisteina karakteriziran supstitucijom metilne skupine (-CH3) s karboksilnom kiselinom (-COOH).

Samosastavljanje peptida je kada se peptidi prirodno organiziraju u uređene strukture bez vanjske intervencije. ovaj proces pokreću nekovalentne interakcije kao što su vodikove veze, hidrofobne interakcije, elektrostatičke sile i π-π slaganje. Samosastavljanje peptida može dovesti do stvaranja različitih nanostruktura uključujući vlakna, sfere, listove i gelove, koji imaju primjenu u znanosti o materijalima, biotehnologiji i medicini.

Fenilacetil (Phenylac ili Phac) je acilna skupina tipično povezana na N-završetku peptida, karakterizirana nižim polaritetom u usporedbi s acetilom (Ac). Predstavlja trajnu modifikaciju peptida.

fenilglicin (Phg) je derivat aminokiseline gdje fenilna skupina zamjenjuje vodikov atom u molekuli glicina

Peptid histidin izoleucin (PHI), svinjski peptid povezan s VIP-om i sekretinom.

Peptid histidin metionin (PHM), ljudski peptid srodan VIP-u.

Izoelektrična točka (pI) definirana je kao razina pH na kojoj protein/peptid ima neto naboj nula (Smoluch et al., 2016.).

2,2,5,7,8-Pentametilkroman-6-sulfonil (Pmc) je gvanidinil zaštitna skupina koja se obično koristi u sintezi peptida čvrste faze (Fmoc-SPPS) na bazi Fmoc. Poznato je da je nešto manje kiselo-labilan u usporedbi s Pbf-om.

p-nitroanilin, kromofor, tipično je konjugiran na C-kraj supstrata karboksipeptidaze. Apsorpcija oslobođenog p-nitroanilina obično se mjeri na valnim duljinama oko 405 ili 410 nm.

L-Propargilglicin (Pra) proizvode mikroorganizmi. Ova aminokiselina, karakterizirana svojom strukturom trostruke veze, visoko je cijenjena kao temeljna jedinica za sintetiziranje peptida sposobnih za uključivanje u reakcije "kemije klika", privlačeći značajnu pozornost u ovom području.

Paratiroidni hormon (PTH) je peptidni hormon koji oslobađaju paratireoidne žlijezde, a ključan je za održavanje homeostaze kalcija i fosfora u izvanstaničnoj tekućini.

Posttranslacijske modifikacije (PTM) proteina dodaju funkcionalne skupine ili proteine, režu regulacijske podjedinice ili razgrađuju cijele proteine. Te promjene, poput fosforilacije, glikozilacije, metilacije, acetilacije, lipidacije, ubikvitinacije, nitrozilacije i proteolize, utječu na to kako stanice rade normalno i tijekom bolesti. Razumijevanje PTM-a ključno je za osnovna istraživanja i pronalaženje novih tretmana.

piroglutaminska kiselina, također poznata pod kraticama kao što su Pgl, Glp, pGlu ili

fenilazobenzilmetoksikarbonil je kromoforna N-zaštitna skupina koja se koristi u sintezi peptida, a može se cijepati katalitičkom hidrogenacijom ili jakom kiselinom. Pokazuje maksimalne valne duljine apsorpcije na 229 nm, 320 nm i 441 nm.

Par prigušivača sastoji se od fluorescentne molekule (fluorofor) i molekule prigušivača koja se koristi u istraživanjima i testovima temeljenim na fluorescenciji. Prigušivač apsorbira svjetlost koju emitira fluorofor, smanjujući njegovu fluorescenciju. Kada se fluorofor i gasitelj razdvoje, kao što je biokemijska reakcija, signal fluorescencije se povećava. To istraživačima omogućuje mjerenje promjena i interakcija u stvarnom vremenu. Ova se tehnika obično koristi u aplikacijama kao što su PCR u stvarnom vremenu, molekularne sonde i FRET (Försterov rezonantni prijenos energije) testovi.

Fluor-18 je radioligand koji se obično koristi u PET slikanju za procjenu metabolizma glukoze u tkivima i obično se koristi u dijagnostici raka i slikanju mozga.

Knjižnica nasumičnih peptida zbirka je mnogih kratkih sekvenci peptida generiranih nasumično. Svaki peptid u biblioteci ima određeni broj aminokiselina s nasumično određenim sekvencama, stvarajući raznolik raspon peptidnih molekula. Istraživači koriste te biblioteke za traženje peptida sa specifičnim svojstvima, biološkim aktivnostima ili interakcijama s ciljnim molekulama. Osobito su korisni u otkrivanju lijekova, imunologiji i studijama interakcija protein-protein, pomažući u identificiranju novih terapeutskih sredstava i razumijevanju složenih bioloških procesa.

Ostatak je pojedinačna aminokiselina unutar peptida ili proteina. Budući da se aminokiseline spajaju peptidnim vezama u te lance, svaka jedinica aminokiseline naziva se ostatak. Ovaj izraz se koristi jer tijekom stvaranja peptidne veze svaka aminokiselina gubi molekulu vode (H2O), ostavljajući iza sebe ono što se naziva ostatkom.

Smola je netopljivi polimer koji se koristi u sintezi peptida u čvrstoj fazi (SPPS) kao čvrsti nosač za kontinuirano dodavanje aminokiselina. Zrnca smole osiguravaju stabilnu i inertnu površinu na koju su početne aminokiseline kovalentno vezane, omogućujući da se peptidni lanac izgradi ostatak po ostatak.

Rodamin B svijetlo je ružičasta do crvena boja s valnom duljinom ekscitacije obično oko 540-570 nm i rasponom emitirane svjetlosti od 560-580 nm. Obično je konjugiran na peptidnu sekvencu preko N-terminalne amino skupine peptida

Tekućinski kromatograf visoke učinkovitosti s reverznom fazom.

Lijekovi odnosa struktura-aktivnost (SAR) razvijaju se proučavanjem odnosa između kemijske strukture lijeka i njegove biološke aktivnosti.

Sarkozin, najjednostavnija N-alkilirana aminokiselina.

Simetrični dimetilarginin (SDMA, Arg(Me)2), Fmoc-Arg(Me)2-OH (simetrični) mogu se izravno koristiti za sintezu peptida koji sadrže simetrični dimetilarginin.

Sinteza peptida u čvrstoj fazi (SPPS) je metoda za kemijsku sintezu peptida, gdje se peptidi sastavljaju korak po korak na čvrstoj podlozi ili smoli uzastopnim dodavanjem zaštićenih aminokiselina. SPPS obuhvaća dvije strategije: Fmoc-SPPS i Boc-SPPS, koje se razlikuju po izboru zaštitnih skupina N-amino skupine (Fmoc ili Boc) i zaštitnih skupina bočnog lanca. Odabrana vrsta N-amino zaštitne skupine diktira strategiju zaštite bočnog lanca i uvjete za konačno cijepanje peptida od smole.

Statin, skraćeno Sta, je neproteinska aminokiselina koja se često koristi u dizajnu peptidnih mimetika, posebno u sintezi inhibitora proteaze.

Terc-butiltio (StBu) je S-zaštitna skupina koja se cijepa redukcijom fosfina i kompatibilna je s Boc-SPPS.

Sukcinil je polarna N-terminalna modifikacija koja odgovara deaminiranom aspartatu i obično se ugrađuje u supstrate karboksipeptidaze.

TAMRA, također skraćeno TMR, je fluorofor koji se može vezati na amino skupinu. Često se koristi u kombinaciji s FAM-om za FRET podloge. TAMRA ima valnu duljinu ekscitacije od 485 nm i valnu duljinu emisije od 535 nm.

Tert-butil je zaštitna skupina koja je labilna na kiselinu i koja se obično koristi za alkohole i fenole, a koja se može odcijepiti pomoću trifluoroctene kiseline (TFA).

Trietilamonijev fosfat je pufer koji se koristi u mobilnim fazama HPLC reverzne faze.

Trifluorooctena kiselina (TFA) korištena je za cijepanje peptida iz smole u Fmoc-SPPS i za uklanjanje zaštitnih skupina izvedenih iz tBu.

Trifluorometansulfonska kiselina (TFMSA) je jača kiselina od TFA. TFMSA se može koristiti kao sigurnija alternativa visoko toksičnom HF za završni korak cijepanja Boc-SPPS strategije.

L-tert-leucin (Tle) je nepolarna aminokiselina sa sterički zahtjevnim bočnim lancima koji destabilizira -spirale.

2,4,6-Trimetoksibenzil je kiselo labilna Asn i Gln amidna zaštitna skupina koja se koristi u Fmoc-SPPS.

Tosil se koristi kao zaštitna skupina za gvanidin i imidazol u Boc-SPPS, a može se ukloniti pomoću Na/NH3

Tritil (Trt) je acid-labilna zaštitna skupina koja se koristi za Asn, Cys, Gln i His ostatke u Fmoc-SPPS. Može se selektivno ukloniti pomoću trifluoroctene kiseline (TFA).

Čisti peptidi obično postoje u obliku bijelog praha nakon sušenja smrzavanjem.

Vazoaktivni intestinalni peptid (VIP) je 28-aminokiselinski peptid koji pripada superporodici peptida glukagon-grelin-sekretin.

9-Ksanhidril (Xan) je amidna zaštitna skupina labilna na kiselinu koja se koristi za Asn i Gln ostatke u Boc-SPPS. Xan se može selektivno ukloniti pomoću TFA.

Kada je peptid obilježen FAM fluoresceinom, liofilizirani prah obično pokazuje žuti izgled.

Z-benziloksikarbonil, skraćeno Z ili Cbz, koristi se kao amino zaštitna skupina u sintezi peptida. Može se ukloniti pomoću hidrogenolize ili jakih kiselina kao što je čista HF ili HBr/octena kiselina.