Koje metodologije sinteze Biorunstar koristi za sintezu peptida?
RE: Biorunstar je razvio različite metodologije sinteze faze rješenja kako bi zadovoljio zahtjeve kupaca. Obično se primjenjuje Fmoc kemija čvrste faze.
Kako isporučujete peptide? Koji će QC podaci biti dostavljeni?
RE: Svi peptidi bit će isporučeni DHL-om ili FedEx expressom kao liofilizirani prah u pojedinačnim dobro označenim bočicama, na sobnoj temperaturi. S iznimkom sirovih peptida, koji će se provjeravati samo MALDI-MASS spektrometrijom, svi sintetski pročišćeni peptidi dolaze s projektnim izvješćem (CoA), MS podacima i HPLC podacima. bit će dostavljene tablice s podacima koje sadrže ključne karakteristike, kao što su peptidna sekvenca, čistoća, količina, modifikacija, podaci o masenom spektru i HPLC podaci.
Koje je tipično vrijeme preokreta za sintezu peptida? Koliko je potrebno da mi se pošalje?
RE: Naše uobičajeno vrijeme obrade je 2-3 tjedana za standardni peptid ispod 30 aminokiselina. Vrijeme preokreta varira ovisno o duljini peptida, količini, topljivosti i težini. Obično 3-5 dana da dođete do istraživača u drugim zemljama.
Koliko dugo možete sintetizirati?
RE: Biorunstar ima veliko iskustvo u sintetiziranju dugih peptida, do 130 aa. Za razliku od mnogih dobavljača peptida koji su zadovoljni samo proizvodnjom peptida ispod 30 ili 40 aa, Biorunstar ima dobro iskustvo u izradi peptida u rasponu od 40 aa do 90 aa. Teško je sintetizirati duge peptide, osobito 100 aa ili duže. Ako planirate sintetizirati sekvencu od 130 aa ili dulju, kontaktirajte nas za prilagođenu ekspresiju proteina i uslugu pročišćavanja.
Što ako se pojave neki problemi tijekom procesa sinteze ili pročišćavanja?
RE: Svaki peptid ima svoje specifične karakteristike. Ako se tijekom sinteze dogode neki problemi izvan naših očekivanja, a ne možemo isporučiti vaš peptid na vrijeme, obavijestit ćemo vas što je prije moguće. Slučajno nismo u mogućnosti proizvesti peptid, nećemo vam naplatiti nikakve troškove.
TFA oblik soli, acetatni ili HCl oblik soli: Koji oblik trebam odabrati?
Prema zadanim postavkama, peptidi se sintetiziraju u TFA soli. Za pokuse povezane sa kulturom stanica ili tkiva, trebali biste razmotriti proizvodnju peptida u obliku soli acetata ili HCl na 98% ili više kako biste izbjegli abnormalne reakcije. Acetat ili HCl oblik soli mogu se zatražiti uz dodatnu cijenu.
Koliki je rok trajanja peptida?
RE: Peptidi su stabilni najmanje godinu dana ako se čuvaju liofilizirani u zamrzivaču. Ako se peptidi otope, rok trajanja bi se mogao smanjiti. Ako peptidi sadrže nekoliko reaktivnih aminokiselina koje se mogu oksidirati poput Trp, Met, ali posebno Cys, rok trajanja se također može smanjiti.
Peptid sadrži nekoliko cisteina i stoga može lako tvoriti disulfidne veze. Kako to izbjeći?
RE: Ako peptidna sekvenca sadrži nekoliko cisteina ili drugih reaktivnih aminokiselina koje se lako oksidiraju, Biorunstar nudi isporuku peptida s tragovima jakog reducenta DTT. Peptid se isporučuje s DTT-om samo ako to kupac izričito dopušta.
Kako mogu pohraniti svoje sintetičke peptide?
RE: Većina liofiliziranih peptida bit će stabilna na sobnoj temperaturi 2-3 tjedana. Za dugotrajno skladištenje, trebali biste čuvati liofilizirane peptide na -20 stupnjeva. Treba izbjegavati ponovljene cikluse smrzavanja i odmrzavanja. Ostavite da dođe na sobnu temperaturu prije otvaranja. Rok trajanja otopina peptida je ograničen; jednom pripremljenu otopinu peptida treba upotrijebiti što je prije moguće.
Koja je čistoća sirovog peptida i odsoljenog peptida? Kako pročišćavate peptid? Koje su nečistoće?
RE: Za kratke peptide s normalnim sekvencama ispod 15aa, općenito je 40-60% prema HPLC-u za sirovi stupanj; 50-70% prema HPLC-u za odsoljeni stupanj. Što je duži peptid, niža je čistoća za sirovu ili desaltiranu. Peptidi se općenito pročišćavaju pomoću HPLC korištenjem gradijenta vode i acetonitrila. Većina nečistoća su fragmenti ili delecijski peptidi, nepotpuno uklonjeni peptidi i zaostala sol i voda.
Objašnjenje čistoće peptida pomoću HPLC-a, ukupnog sadržaja peptida i ciljanog sadržaja peptida.
RE: Biorunstar isporučuje peptide prema bruto težini liofiliziranog praha. Liofilizirani prah uključuje nečistoće kao što su fragmenti ili delecijski peptidi, nepotpuno uklonjeni zaštićeni peptidi, TFA i zaostala voda. Čistoća peptida se mjeri HPLC-om. To je količina ispravnog peptida u odnosu na sve analite koji apsorbiraju na ~214 nm (peptidna veza apsorbira), najvjerojatnije brisanje, skraćivanje ili nepotpuno deprotektirane sekvence, itd. Čistoća peptida pomoću HPLC ne uzima u obzir vodu i soli koji su obično prisutni u uzorku. Ukupni sadržaj peptida je postotak ukupnih prisutnih peptida u odnosu na sve prisutno u liofiliziranom peptidnom prahu. Ukupni sadržaj peptida određuje se analizom sadržaja dušika. Ciljani sadržaj peptida u liofiliziranom peptidnom prahu stoga se može zaključiti formulom: ukupni sadržaj peptida X čistoća peptida prema HPLC-u.
Koja je metoda označavanja fluoresceinom?
RE: FITC (fluorescein izotiocijanat) je aktivirani prekursor koji se koristi za označavanje fluoresceinom. Za učinkovito označavanje Nterminala, aminoheksanoil sa sedam atoma
između fluorofora (fluorosceina) i N-kraj peptida. Ovaj odstojnik pomaže odvojiti fluorofor od njegove točke vezivanja, potencijalno smanjujući interakciju fluorofora s biomolekulom na koju je konjugiran i čineći ga dostupnijim sekundarnim reagensima za detekciju.
Je li moguće označavanje C-terminala biotina (ili FITC-a)?
RE: Da. C-terminalno označavanje biotina (ili FITC) vrši se dodatkom lizinskog ostatka na C-kraj peptida, a biotin (ili FITC) se veže na bočni lanac lizina preko amidne veze. Pozitivni naboj lizina je uklonjen.
Koja je odgovarajuća duljina peptida za proizvodnju antitijela?
RE: Općenito se preporučuje 10-25 ostatak peptida. Dulji peptid mogao bi imati više epitopa, ali bi također mogao imati veću šansu za stvaranje stabilnih sekundarnih struktura koje nisu prirodni oblici. Kraći peptid (<10aa) is generally not good unless there are valid reasons for it, such as potential sequence homology with a related family member or other proteins.
Što je MAP?
RE: MAPS ili Multi-Antigenic Peptide je razgranati peptid kod kojeg su linearni peptidni lanci povezani na svom C-kraju preko polilizinske jezgre, čime se povećava veličina cijele molekule. Ovo se radi kako bi se eliminiralo spajanje peptida na KLH. Međutim, čini se da je konformacija peptida na MAP-u manje fleksibilna, a antitijela dobivena MAP-om obično rjeđe prepoznaju ciljni protein nego konvencionalnom KLH konjugacijom. Osim toga, nema slobodnog peptida koji se proizvodi prilikom izrade MAPS-a, što otežava uklanjanje antitijela usmjerenih na polilizinsku jezgru. Pročišćavanje MAPS-a HPLC-om je teško, a MAPS se daje bez masovne provjere zbog svoje heterogenosti i velike molekulske veličine.
Zašto moja KLH-konjugirana otopina peptida izgleda mutno?
RE: KLH ili Hemocyanin Keyhole Limpet je veliki agregacijski protein (MW=4x105 – 1x107). Zbog svoje veličine i strukture, njegova topljivost u vodi je ograničena, što uzrokuje mutan izgled. To neće utjecati na imunogenost i zamućena otopina može se koristiti za imunizaciju.
Možete li objasniti M+Na i M+K masene vrhove u MALDI spektrima?
RE: Vrlo je uobičajeno vidjeti adukte Na (natrij) i K (kalij) u MALDI spektru. Natrij i kalij dolaze iz vode koja se koristi u peptidnim otapalima. Čak i destilirana i deionizirana voda ima tragove iona natrija i kalija, koji se nikada ne mogu u potpunosti ukloniti. Oni postaju ionizirani tijekom MALDI masenog procesa i vežu se na slobodne karboksilne skupine peptida. Budući da ne postoji sustav za pročišćavanje vode koji će ukloniti svaki pojedini ion natrija ili kalija iz vode, pojavljivanje adukata natrija i kalija povremeno je vrlo uobičajeno i neizbježno u MALDI masenim specifikacijama. Ovo nije pokazatelj da peptid nije čist, niti ga treba zamijeniti s netočnom molekularnom težinom.