Funkcija zaštitnih skupina je izolacija specifičnih funkcionalnih skupina tijekom procesa sinteze, njihova zaštita od interferencije i uklanjanje zaštitnih skupina tek nakon završetka specifičnih reakcija kako bi se obnovila aktivnost ciljne molekule. Proces uklanjanja zaštitnih skupina obično zahtijeva blage uvjete kako bi se izbjeglo oštećenje ciljne molekule. Na primjer, metoda uklanjanja ROH iz zaštićenih alkohola obično je proizvodnja etera (ROR') ili estera (ROCOR'), a zatim njihova hidrolizacija ili zakiseljavanje pod odgovarajućim uvjetima.
Ukratko, uloga zaštitnih skupina u sintezi PNA je ključna, jer osigurava učinkovitu sintezu složenih molekula, izbjegava neciljane reakcije i može se selektivno ukloniti kada je potrebno da se dobiju pročišćeni proizvodi PNA.