Postoje dvije glavne metode za sintezu biblioteke peptida: monomerna metoda i submonomerna metoda.
Monomerna metoda
Monomerna metoda tradicionalni je pristup sintezi biblioteke peptida. Kod ove metode potrebno je prvo sintetizirati sve zaštićene monomere, a proces sinteze svakog zaštićenog monomera je težak i dugotrajan.
Metoda sekundarnog monomera
Metoda sekundarnog monomera ne zahtijeva monomere sa zaštićenim alfa amino skupinama. Ova se metoda sastoji od dva koraka: nukleofilne supstitucije nakon koje slijedi acilacija. Submonomerna metoda dopušta upotrebu bilo kojeg komercijalno dostupnog ili sintetski dostupnog amina, s velikim potencijalom za kombinatornu kemiju.